Chris Sununu sinh ngày 05 tháng 11 năm 1974 tại thị trấn Salem, quận Rockingham, tiểu bang New Hampshire, Hoa Kỳ, tên khai sinh là Christopher Thomas Sununu, trong một gia đình có tám anh chị em.[3] Tổ tiên phía nội của ông đến Hoa Kỳ từ Trung Đông vào khoảng đầu thế kỷ 20, bà nội của ông sinh ra ở El Salvador trong một gia đình Cơ đốc giáo chính thống Hy Lạp, Liban đã định cư ở Trung Mỹ vào đầu thế kỷ này. Tổ tiên bên nội của ông là người Liban và người Palestine từ cộng đồng Chính thống giáo Hy Lạp ở Jerusalem. Mặc dù gia đình di cư từ Jerusalem, một số thành viên của gia đình đến từ thủ phủ Beirut, Liban. Bố của ông là, John H. Sununu sinh ra ở thủ phủ Havana, Cuba. Ông nội của ông cũng tên là John Sununu, sinh ra ở Hoa Kỳ, và hầu hết hai thế hệ cuối cùng của nhà Sununu cũng sinh ra ở Mỹ.[4] Tổ tiên của mẹ ông bao gồm những người nhập cư từ Ireland, Scotland và Anh. Khi nhậm chức Thống đốc, ông đã tuyên thệ với một quyển Kinh Thánh Tân Ước Chính thống giáo Hy Lạp thuộc về gia đình ông.[5]

Năm 1990, ông nhập học trung học tại Trung học Khoa học công nghệ Thomas Jefferson ở thành phố Fairfax, tiểu bang Virginia, tốt nghiệp năm 1993.[6] Sau đó, ông theo học Viện Công nghệ Massachusetts ở tiểu bang Massachusetts, tốt nghiệp Kỹ sư Kỹ thuật dân dụng và môi trường năm 1998.[7]